日章旗は日の出を図化したもので、日本では古くより用いられてきた図柄である。
遡れば古絵巻きなどにも登場し、最も古くに日の丸が記されたのは
それでも、平安時代には既に使われていたことが知られる。
戦国時代の武田信玄こと武田晴信なども日章旗をよく使ったことが知られ、関ヶ原の合戦など日の丸だらけであった。我こそが真の日本の云々、ということを旗によって表現したわけである。
合戦後、徳川時代になると、幕府の御用船にも使われた。
勝海舟が日米修好通商条約批准書交換のためにアメリカを目指した咸臨丸にも、後尾マストに国旗である日章旗が掲げられていた。
江戸時代には日本船の旗として用いられるようになり、1870年2月27日(明治3年1月27日)には太政官布告第57号・商船規則で図案が定められ、ここで日章旗が正式に定められた。
このため、1月27日は「国旗制定記念日」とされる。
しかし、これは布告であり、法律ではない。
大日本帝国時代に日章旗を国旗とする法案が出されたが、廃案となった。日章旗はその後も慣例として用いられていた。
1999(平成11)年8月13日に国旗及び国歌に関する法律(国旗国歌法)が規定され、遂に明文化された。