一般的には、「軍艦」とは海軍に籍を置く船舶全般のことであるが、旧日本海軍においては、軍に籍を置く船舶のことは「艦船」と呼び、その中の戦闘用艦を「艦艇」と呼び、さらにその中の「舳に菊の御紋章をつけた艦艇」の事を「軍艦」と呼んだ。
「軍艦」に類別される艦種は時期により変動したが、外交辞令上から長きに渡って軍艦に類別されていた砲艦という特例はあるものの基本的にある程度以上の格式を持つ大型艦であり、大東亜戦争開戦当時は「戦艦」「練習戦艦」「巡洋艦(一等、二等)」「練習巡洋艦」「航空母艦」「水上機母艦」「潜水母艦」「敷設艦」「海防艦」「砲艦」の10艦種であった。そのため、「駆逐艦」や「潜水艦」は軍艦ではなく(駆逐艦は短期間ではあるが軍艦に類別されていたこともある)、各々の指揮官も「艦長」ではなく「駆逐艦長」「潜水艦長」と呼び、中小佐が任ぜられた(「艦長」は大中佐が任ぜられるのが普通)。