第5網オルソミクソウイルス科に属し、BSL-2(バイオセーフティーレベル2)に分類される。
ウイルスは表面膜が2種類の棘状の突起で覆われているのが特徴で、それぞれH、Nと呼ばれている。
核蛋白複合体の抗原性の違いによって、A型/B型/C型に分類されている。
A型とB型の表面からはH蛋白(赤血球凝集素)とN蛋白(ノイラミニダーゼ)という2種類の蛋白がウニの刺状に出ており、これはスパイク蛋白と呼ばれている。H、N蛋白はそれぞれ複数の種類があり番号で区別され、H1〜H15、N1〜N9まであって、更にその組み合わせで分類される。
インフルエンザウイルスは、表面のある「ヘマグルチニン」により、宿主細胞膜上にあるガングリオシド(シアル酸を持つ糖鎖)やシアル酸含有糖蛋白質受容体へ結合し、細胞に感染する。
シアル酸を持つ糖鎖は、ウイルスが宿主細胞に結合する上で必要なものだが、そのままでは遊離できない。そこで、シアル酸を切断する酵素「ノイラミニダーゼ」によりシアル酸を切り離すことで、インフルエンザウイルスは細胞から遊離する。
タミフルなどの抗インフルエンザウイルス剤(ノイラミニダーゼ阻害剤)は、このうちノイラミニダーゼの機能を阻害することでウイルスの増殖を抑える薬品である。