スカトールという名は、ギリシャ語で糞便を意味するσκωρ(skor)、およびその属格σκατος(skatos)に由来し、ここから「skato‐」という連結形が作られた。
そして、糞便に含まれる幾つかの物質のうちの一つとして、この物質が「スカトール」(skatole)と命名された。
同じ語を語源とするものに、学問としてまたは嗜好(フェチ)としての「スカトロ」「スカトロジー」という用語がある。こちらはskatoに科学や学問を意味するギリシャ語λογος(logos)を付けたものとされる。語源は同じだが由来が異なる。