小腸と大腸のこと。
人間の腸管内にはおよそ100兆個、およそ1〜1.5kgの細菌が住んでいるとされる。大腸菌のように有害なものもいるが、ビタミンB群の生成や、より病原性の強い細菌に対する抵抗力として機能し、家主の健康維持に貢献するものもいる。