微生物、例えば菌類(酵母など)や細菌(乳酸菌など)の作用により糖が分解され、乳酸やアルコールなどを生ずる反応のこと。
ほぼ同義の用語に「腐敗」がある。
人間にとって有益であるものを醱酵、そうでないものを腐敗と呼び分ける。更にいえば、醱酵は腐敗の一種である。
正字では「醱酵」と書く。その後、当用漢字が制定されるにあたり、漢字表から「醱」の字が漏れたため、「発酵」と書くようになった。これが今に至る。
なお「醗酵」という表記は当用漢字表の副産物で、朝日新聞が大々的に始め、JIS漢字表などでも採用された「拡張新字体」によるものである。