開始コドン

原核生物やウイルス等では、その他のコドンが使われるケースが発見されている。

原核生物などでは、GUG(バリン)、CUG(ロイシン)、AUA(イソロイシン)などが使われる例が知られる。これらの特徴はAUGと二塩基が共通で一塩基だけ異なる点にある。

最近では、チャバネアオカメムシ腸管ウイルス(PSIV)と呼ばれる昆虫病原性RNAウイルスで、ウイルス外皮蛋白質をコードする遺伝子はCAA(グルタミン)を開始コドンとすることが発見されている。これはAUGとは全く異なる配列である。

ただ、単純にCAAというわけではなく、その上流にメチオニルtRNAの代わりをするような構造があるらしいことも知られている。