メチシリンの効かないMRSAの治療にはバンコマイシンが使われる。これは菌の細胞壁の生成を阻害する薬剤であった。
しかし、徐々にバンコマイシン低感受性の株(VISA)が見つかるようになり、そして遂に、耐性遺伝子vanAを持つ耐性菌VRSAが登場した。
バンコマイシンにまで耐性を持つようになると、治療が事実上不可能になる。バンコマイシンより強力な抗生物質は存在しないからである。
このような菌株が増えるのを防ぐため、バンコマイシンの使用はMRSA感染治療のみに限定し、それ以外での使用は避けるようになった。