性染色体の一つで、哺乳動物などのオスヘテロ型生物の場合、雄(男)のみが1個持っているもの。
人間のY染色体は、2006(平成18)年2月時点では、塩基数約5100万bp、遺伝子数255個とされている。常染色体の21番染色体や22番染色体より少し大きい程度で、X染色体の1/3しかない。
主な遺伝子や作られる蛋白質等の名称、およびその欠損による遺伝病等は次のとおり。
この染色体に関わる主な遺伝病と、原因は次のとおり。
このY遺伝子は比較的頻繁に変異をしている。
Y染色体はかつて、常染色体とは違い普段は減数分裂時の相互転座に参加しないとされ、よってY染色体は変異しづらい不活性なものだと考えられていた。現在では、減数分裂時にX染色体との間で相互転座が起こすこともあると考えられており、またY染色体自身の中で他の場所にあるDNAと入れ替えをしていることが明らかとなっている。
ここから、Y染色体は比較的突然変異を起こしやすい染色体であると言える。この特徴はY遺伝子の突然変異を世代を重ねるうちに修復できる働きと見られるが、逆に男性不妊などの先天疾患を招くことにもなる。