1992(平成4)年に発売され、16ビット版Microsoft Windowsとして長く使われることになるGUI。日本では1993(平成5)年の春に発売された。なお、後継はWindows 95である。
IBMはなぜかWindows 98の時代に至ってもなお、OS/2 WarpやWindows 3.1とLotus Notesをメインに使っていた。これはIBMがWindows 95以降への移行を拒んでいたためである。
しかし、やがてソフトウェアの調達も難しくなり、Windows 2000になってようやくWindowsを使い始めたようだ。これは見方を変えれば、IBMからするとWindows 95やWindows 98は信頼性が低く実用にならないという判断が働いたのかもしれない。
Windows 3.1の起動ロゴは変更することができる。手順は以下の通り。