Windows 98にバグ修正や機能追加を施したバージョン。プレインストール版のバージョンはWindows 98 ver 4.10.2222 A。最低限のシステム構成としてCPUがi486DX/66MHz以上、メモリ24Miバイト以上が必要。但し実際はPentium100〜150MHz以上でなければ実用的とは言い難く、CeleronまたはPentium Ⅱ以上で利用されるのが一般的である。
バグ修正についてはWindows 98 Service Pack 1(SP1)相当の修正が行なわれている。主な内容はユーザ登録ウィザードでユーザプライバシーが送信されてしまう不具合の修正や、西暦2000年問題対応など。
主な機能追加はインターネット接続共有(2〜5台のパソコン間でモデムやTAによるダイアルアップを共有できるルータ機能)、IEEE 1394サポートの強化(SBP2(Serial Bus Protocol 2)対応の機器をサポートし、ハードディスク等の接続にも対応)、USBモデムのサポート、Wake On LAN(ACPI対応パソコンをLAN経由で起動させる)を特徴とし、また Internet Explorer 5、Microsoft Outlook Express 5、NetMeeting 3とWMT(Windows Media Technologies)4.0対応の Windows Media Player と DirectX 6.1、MS-IME98 SR1.1を標準搭載している。
IEEE 1394は、SEでないWindows 98でも暫定的にサポートされていたが、本格的なサポートはこのWindows 98 SEからである。従って、殆どのIEEE 1394機器はSE以降にのみ対応している。
日本語パッケージ版は1999(平成11)年9月10日に発売。16ビットベースのMicrosoft Windowsの最終バージョンとされ、Windows 2000ベースのコンシューマ向けOSが発売されるまでの繋ぎとされていたが、実際にはWindows 2000のコンシューマ向けは出ず、さらに後継のWindows Meが繋ぎとして発売されることになった。いずれにしても16ビットコードを大量に残した不安定なOSであることに変わりは無い。