クライアントは110/tcpに接続し、「USER」と「PASS」で認証を受けた後、「STAT」「LIST」「RETR」「DELE」「QUIT」といったコマンドを使用してメールを読み出す。いわばSMTPがプッシュ型、POPがプル型のプロトコルである。
なお、この認証で使われるパスワードはそのまま平文でネットワーク上を流されるため、パスワードを盗まれる危険性がある。そこで、POP3からはパスワードをハッシュ値にして送信するAPOPと呼ばれる機構とコマンドが用意された。
なお、APOPを使用してもメール本文は暗号化されない。