ウェポンシステムがコンピューターによって有機的にリンクされている艦のこと。
このシステム艦になると、搭載している兵器を効果的に使用することが出来るようになる。
海上自衛隊においては1980(昭和55)年に就役した「しらね」以降続々とシステム艦が登場し、また従来艦もシステム艦への改装を行なっていった結果、現在では1隻以外すべてシステム艦である。