海軍兵科将校の最高学府。1888(明治21)年開校、1945(昭和20)年廃止。
少佐、大尉クラスの人間に海軍省や軍令部、艦隊の主要ポストに就くのに必要な知識を教授すると共に、兵学の研究を行なっていた(海軍大学校令第一条：海軍大学校ハ海軍士官ニ高等ノ学術ヲ教授シ兼テ其ノ研究ヲ行フ所トス)。
1888(明治21)年、東京築地に設置され、学生は甲号、乙号、丙号があった。1897(明治30)年には学制の大改革に伴い、同校は将校及び機関官に高等学術を教授するところとなり、学生は甲種、乙種、機械科、選科の4種となった。その後、1918(大正7)年には乙種が無くなり、代わりに航海科が入ったが、1926(昭和元)年に航海科は廃止。1932(昭和7)年には品川区上大崎に移転した。
陸軍大学校は軍令機関である参謀本部の管轄を受けていたが、海軍大学校は軍政機関である海軍省の管轄を受けていた(海軍大学校令第二条:海軍大学校ノ教育綱領ハ海軍大臣之ヲ定ム)。
コラム(歴代校長) 1888.08.16 海軍少将 井上 良馨 1889.05.15 海軍少将 伊東 祐亨 1890.09.24 海軍中将 林 清康 1891.06.17 海軍中将 仁礼 景範 1891.08.08 (欠員) 1892.12.12 海軍中将 中牟田 倉之助 1893.12.20 海軍少将 坪井 航三 1896.03.23 海軍少将 東郷 平八郎 1896.11.05 海軍少将 鮫島 員規 1897.10.08 海軍中将 (昇進) 1898.02.01 海軍少将 東郷 平八郎 1898.05.14 海軍中将 (昇進) 1899.01.19 海軍中将 柴山 矢八 1900.05.20 海軍大佐 坂本 俊篤 1902.05.26 海軍少将 (昇進) 1904.02.03 海軍少将 肝付 兼行 1905.09.23 海軍中将 (昇進) 1905.11.02 海軍少将 坂本 俊篤 1905.11.30 海軍中将 (昇進) 1908.08.28 海軍中将 島村 速雄 1909.12.01 海軍少将 川島 令次郎 1910.12.01 海軍中将 吉松 茂太郎 1911.09.25 海軍少将 山屋 他人 1911.12.01 海軍中将 八代 六郎 1913.09.25 海軍中将 吉松 茂太郎 1913.12.01 海軍中将 山屋 他人 1914.08.22 海軍少将 伏見宮 博恭王 1915.12.13 海軍少将 佐藤 鉄太郎 1916.12.01 海軍中将 (昇進) 1920.08.10 海軍少将 加藤 寛治 1920.12.01 海軍中将 (昇進) 1922.05.01 海軍中将 堀内 三郎 1923.06.01 海軍少将 山本 英輔 1924.12.01 海軍中将 大谷 幸四郎 1926.12.01 海軍少将 中村 良三 1927.12.01 海軍中将 (昇進) 1929.11.30 海軍中将 高橋 三吉 1932.02.08 海軍中将 百武 源吾 1932.10.01 (欠員) 1932.12.01 海軍中将 加藤 隆義 1933.11.15 海軍少将 井上 継松 1934.11.15 海軍中将 (昇進) 1935.12.02 海軍中将 中村 亀三郎 1936.12.01 海軍中将 佐藤 三郎 1937.12.01 海軍中将 日比野 正治 1938.11.15 海軍中将 高須 四郎 1939.09.29 (欠員) 1939.12.23 海軍中将 沢本 頼雄 1940.11.01 海軍中将 南雲 忠一 1941.04.10 海軍少将 阿部 嘉輔 1941.09.06 海軍中将 小沢 治三郎 1941.10.18 海軍中将 伊藤 整一 1942.06.01 海軍少将 稲垣 生起 1942.10.10 海軍大将 及川 古志郎 1943.11.15 (欠員) 1943.12.14 海軍大将 吉田 善吾 1944.03.15 海軍中将 伊藤 整一 1944.11.18 海軍中将 小沢 治三郎 1945.05.29 廃職