衛生学校の前身は警察予備隊の総隊学校第4部であり、保安隊創設と共に1952(昭和27)年10月に独立。1955(昭和30)年7月、自衛隊中央病院の開院に合わせて現在の世田谷区三宿に移転。
衛生学校では防衛医科大学校出身者などの医科歯科幹部出身や薬剤幹部出身者の新任幹部、看護師に向けた幹部教育や曹士向けの衛生救護、医官・歯科医官のサポート技術教育が行なわれている。また衛生業務に従事するのは衛生科隊員とは限らないので、入校する隊員は全職種に及び、また海・空自衛隊からの委託学生も存在する。
輸送学校の組織は学校長、副校長以下、企画室、総務課、管理課、教育部、研究課からなり、他に隷属部隊として衛生教導隊がある。