日本海軍において、海軍区ごとに1つ置かれ、自海軍区内における沿岸防御などの警備、兵員徴募、人事管理、港湾整備などの軍政業務を行なった機関のこと。
軍港に置かれ、各鎮守府は軍港の名を冠していた。
全ての艦艇はいずれかの鎮守府に艦籍を置いていた。