治水や利水等、国土保全上または国民経済にとって特に重要な水系。河川法で定義され、国土交通相が指定する。
主に国が管理するが、支流などで都道府県に委任する区間もある。
河川法第四条第一項の水系を指定する政令(昭和四十年三月二十四日政令第四十三号)による、全109の水系は次のとおり。