PC/AT互換機の追随を受けた結果、かつての同社では考えられない程に低価格化された。Windows 95時代のNECの主力パソコンで、世界標準であるPC/ATの機能を多数取り込んできた結果、使用されているパーツは、かなりの部分でPC/AT互換機と同等になり、PCI、IDE/SCSIハードディスク、SIMM/DIMMなど、PC/ATと同じものが利用できる。わずかに違うものといえばキーボードやマウスのようなものだけで、それ以外の周辺機器は殆どすべて兼用できた。
言いかえれば、一部のハードウェアは依然PC-9800アーキテクチャであるため、PC/ATと同じ部品を全てで使いまわすことは不可能である。これは製造コストや新技術導入に対して不利となった。例えばPC-9821ではPCIバスに対応するが、同時に互換性のためにCバスも搭載している。PC/AT互換機の場合、Intelから提供されているPIIX(PCI ISA IDE Xcelerator)というチップでISAバスとPCIバスの共存を実現しているが、これはPCI-ISAブリッジやIDE機能のほかにPC/AT互換機に必要な機能が多数集積されているため、PC-9801アーキテクチャでは利用できず同等品を別途で開発せねばならない。Intelに受注するにしろ自社開発するにしろ、これはコスト高になるほか、数々の新技術導入に対する大きな障壁となったのである。
PC-9821のPC-9801に対する大きな特徴として、画面表示の仕様変更が挙げられる。PC-9801は640×400ドット、4096色中16色であった。さらにメモリ上にR/G/B/Yのプレーンが独立して存在するプレーンアクセス仕様だった。対してPC-9821では640×480ドット、4096色中256色に標準対応し、これはパックトピクセル方式を採用した。またグラフィックアクセラレータにも標準対応し、Windows 3.1/95で高解像度、多色に対応した。
