最初に特別快速が設けられた路線は中央本線である。
通勤五方面作戦で中央線が三鷹まで複々線化された後、新宿〜三鷹間に快速電車を設定することになった。この際に地元との協議に失敗し、中野以西の中央線快速は各駅停車となってしまった。これは杉並3駅(高円寺、阿佐ヶ谷、西荻窪)として悪名高い。
しかし、これでは立川や八王子近辺から新宿までの所要時間が掛かりすぎて京王線との競争に勝てないことから、新たに特別快速が設けられた。現在では昼間時間帯は高尾、大月発着の「中央特快」と、青梅発着の「青梅特快」が交互に走っている。
ラッシュ時には、通勤特快(上りのみ)、通勤快速(下りのみ)の設定もある。