五界説のうちの一界で、茸などの菌類が属する。真核生物である。「菌類界」とも呼ばれる。
クロンキスト分類法では、次のように分類される。
次のような門に分けられる。
接合菌門が実際には単系統では無いということで、これを更に細かい門に分離する説もある。
不完全菌門とは、分類がまだ定かでない菌の暫定的な分類門である。
地衣植物門は、菌類と藻類の共生体をなすもの。
