生物の種類の一群で、菌類や、それに類する微小な生物の総称。但し、明確な定義はない。
元々、菌という語は「きのこ」を意味した。菌は、音読みは「キン」だが、訓読みは「きのこ」である。
近代科学発展以降には「きのこ」に類すると見られる生物を総じて菌と呼ぶようになった。
しかし時代の変遷と共に様々な微生物が発見されると、類縁関係の有無を問わず単に菌と呼ばれるようになったことから、意味が混乱することとなった。
現在、菌と呼ばれる生物群は、次のようなものがある。分類については様々な説があるが、ここでは一例を採用した。