MS-DOSやMicrosoft Windowsで利用されているFATシステムの一つで、FAT領域のクラスタリンク情報におけるクラスタ番号を16ビットで管理するファイルシステム(ディスク管理方法)のこと。
FAT16はMS-DOS 3から対応された。但し、MS-DOS 3はセクタ数を16ビットでしか指定できないため、32Miバイト以上のパーティションを切ることができない。PC-9801でSCSIの大容量ディスクを使うには、MS-DOS 5を待たねばならなかった。
以降、ハードディスクドライブやMOなど、多くの媒体に利用されている。
それまで12ビットで管理していたクラスタ間リンクのアドレスサイズを16ビットに拡張し、同時にセクタ数を32ビットで管理するようになった。
これにより1パーティションで最大2.1Giバイトまでのディスクを扱うことが出来るようになった。
但し、2.1Giバイトのパーティションではクラスタ長が32Kiバイトにもなってしまうため、とても不効率である。
ちなみにWindows NTでは64Kiバイトのクラスタが利用できるため、倍の約4GiバイトまでのディスクをFAT16で管理することができる。