人間に対して非常に毒性の強い菌を利用した兵器のこと。現在は生物毒素兵器禁止条約によって開発・生産・貯蔵が禁じられている。
しかし、「貧者の核兵器」として手軽に開発・製造できる大量破壊兵器であるため、イラクや北朝鮮などの危険国家見なされている国では開発・生産しているのではないかとの疑惑が常に付きまとっている。
生物兵器に利用される可能性の高い菌には、天然痘ウィルス、炭疽菌(肺炭疽)、ペスト菌(肺ペスト)、ボツリヌス菌などがある。