大脳辺縁系に属する脳のうち、情動を司る部位。大脳核と呼ばれる、大脳髄質内に見られる灰白質の一つでもある。
ものの好き嫌いなどを判断する価値判断の中枢。扁桃核ともいう。
目の前にあるものが敵か味方かの判断をし、敵なら逃げたり、味方なら近づいたり、あるいは獲物ならば襲い掛かる、といった行動の選択判断をするのが扁桃体である。
大脳皮質と視床下部の中間に位置し、視床下部の調節機能を有する。
