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合併を行なった市町村の一部域に、その自治体の条例に基づいて設置される行政組織のこと。
この区は、「○○区」「○○町」「○○村」のいずれかを称することができる。
「市町村の合併の特例に関する法律」の第五条の八〜第五条の三十九まで、あるいは「市町村の合併の特例等に関する法律」の第三章(二十六条―第五十七条)で規定される。
市町村合併後、必要と認められる時は、合併市町村の協議により、期間を定めて、一つ以上の元の自治体の範囲を範囲とする合併特例区を置くことができる(法の要約)。
東京特別区と同様、合併特例区は法人格を有する独立した地方自治体である。なお、最大で5年間の期限付きである。
その区長は公選ではなく、属する市町村長の選任である特別職の職員となる。
また区議会なども設置できないが、合併特例区協議会の設置が認められている。
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