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幕張メッセではC37から、このC39まで3回開催されたが、猥褻図画に関する問題(千葉県青少年健全育成条例に関する問題)が発生した。このため、千葉県から退出を余儀なくされ、C39をもって幕張での開催は終了した。
会場からの追い出しは、C40がかなり近付いてからで、このためC40は開催が危ぶまれた。何とか晴海(東京国際貿易センター)会場を再び押さえることができ開催に大きな支障はなかったが、極めて後味の悪い追われ方をしている。
コミケがもたらす経済効果は会場での飲食代も含めて一回のコミケで60〜70億円にも達するといわれる。千葉県はこれを見す見す逃してしまったわけである。
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