糸魚川‐静岡構造線

この構造線の西側が、日本アルプスと呼ばれる、次の山脈である。

• 飛騨山脈(北アルプス)
• 木曽山脈(中央アルプス)
• 赤石山脈(南アルプス)

日本アルプスのうち北アルプスは火山帯である。中央アルプスと南アルプスには活火山はないが、構造線の東側つまりフォッサマグナの中央部は、南北に富士山や箱根山などを含む火山が連なっている。

これは、フォッサマグナが作られた際の地層の圧縮で作られた断層にマグマが流れ込んだためと考えられている。この影響もあってか、火山のない中央部から南部にかけても、温泉が湧き出ており、温泉地が連なっている。

西日本が乗っているユーラシアプレートと、東日本が乗っている北米プレートの境界線であるとする仮説もある。有力であるとは考えられているが、まだ確固たる証拠は見つかっていないため、学者によって見解は異なっている。