HIV-1

HIV-1は、塩基配列によって4グループに分けられ、それらは更に複数のサブタイプが存在する。

• Group M (Main; Major) ‐ 世界中に蔓延している、ありふれたタイプ
• Group O (Outlier) ‐ 西アフリカや中央アフリカに見られる
• Group N (New; non-M/non-O) ‐ カメルーンで発見された
• Group P (pending) ‐ ゴリラ由来と思われる新種で、カメルーン人から発見された

グループは更にサブタイプに分けられている。

Group Mは、次のサブタイプに分かれており、一部は更にサブサブタイプに分かれている。

• A
  • A
  • A2
• B
  • B'
• C
• D
• (E) (後述)
• F
  • F1
  • F2
• G
• H
• I
• J
• K

他に、組換えウイルス(Recombinant Virus)もあり、組換え型流行株(CRFs: Circulating Recombinant Forms)と、孤立型組換えウイルス(URFs: Unique Recombinant Forms)とに分けられている。

これらは世界中に播種している。播種先で新生したCRFを除いては、あらゆるサブタイプ、CRFが中央アフリカに存在しており、この地域がAIDS流行の起源地とみなされている。

Group MのサブタイプEは実際には純粋なものは確認されておらず、最初に発見されたものはCRF01_AEとされる組換え型流行株(CRFs: Circulating Recombinant Forms)だった。現在はこれらをまとめてサブタイプEとしている。

CRFのあとの数字はゼロパディングして2桁で余裕が持たされていたが、これを著している時点で既に100種類を超えており、その種類は膨大なものとなっている。Los Alamos National LaboratoryのHIV sequence databaseによると次の通り。

• CRF01_AE (A, E)
• CRF02_AG (A, G)
• CRF03_AB (A, B)
• CRF04_cpx (A, G, H, K, U)
• CRF05_DF (D, F)
• CRF06_cpx (A, G, J, K)
• CRF07_BC (B', C)
• CRF08_BC (B', C)
• CRF09_cpx (A, G, U)
• CRF10_CD (C, D)
• CRF11_cpx (A, E, G, J, U)
• CRF12_BF (B, F1)
• CRF13_cpx (CRF01, A, G, J, U)
• CRF14_BG (B, G)
• CRF15_01B (CRF01, B)
• CRF16_A2D (A2, D)
• CRF17_BF (B, F1)
• CRF18_cpx (A1, F, G, H, K, U)
• CRF19_cpx (A1, D, G)
• CRF20_BG (B, G)
• CRF21_A2D (A2, D)
• CRF22_01A1 (CRF01, A1)
• CRF23_BG (B, G)
• CRF24_BG (B, G)
• CRF25_cpx (A, G, U)
• CRF26_A5U (A, U)
• CRF27_cpx (A, E, G, H, J, K, U)
• CRF28_BF (B, F1)
• CRF29_BF (B, F1)
• CRF30_0206 (CRF02, CRF06)
• CRF31_BC (B, C)
• CRF32_06A6 (CRF06, A6)
• CRF33_01B (CRF01, B)
• CRF34_01B (CRF01, B)
• CRF35_AD (A, D)
• CRF36_cpx (CRF01, CRF02, A, G)
• CRF37_cpx (CRF01, CRF02, A, G, U)
• CRF38_BF (B, F1)
• CRF39_BF (B, F1)
• CRF40_BF (B, F1)
• CRF41_CD (C, D)
• CRF42_BF (B, F1)
• CRF43_02G (CRF02, G)
• CRF44_BF (B, F1)
• CRF45_cpx (A, K, U)
• CRF46_BF (B, F1)
• CRF47_BF (B, F1)
• CRF48_01B (CRF01, B)
• CRF49_cpx (A1, C, J, K, U)
• CRF50_A1D (A1, D)
• CRF51_01B (CRF01, B)
• CRF52_01B (CRF01, B)
• CRF53_01B (CRF01, B)
• CRF54_01B (CRF01, B)
• CRF55_01B (CRF01, B)
• CRF56_cpx (CRF02, B, G)
• CRF57_BC (B, C)
• CRF58_01B (CRF01, B)
• CRF59_01B (CRF01, B)
• CRF60_BC (B, C)
• CRF61_BC (B, C)
• CRF62_BC (B, C)
• CRF63_02A (CRF02, A6)
• CRF64_BC (B, C)
• CRF65_cpx (CRF01, B, C)
• CRF66_BF1 (B, F1)
• CRF67_01B (CRF01, B)
• CRF68_01B (CRF01, B)
• CRF69_01B (CRF01, B)
• CRF70_BF (B, F1)
• CRF71_BF (B, F1)
• CRF72_BF (B, F1)
• CRF73_BG (B, G)
• CRF74_01B (CRF01, B)
• CRF75_01B (CRF01, B)
• CRF76_01B (CRF01, B)
• CRF77_cpx (CRF01, B, C)
• CRF78_cpx (CRF01, B, C)
• CRF79_0107 (CRF01, CRF07)
• CRF80_0107 (CRF01, CRF07)
• CRF81_cpx (B, C, F1)
• CRF82_cpx (CRF01, B, C)
• CRF83_cpx (CRF01, B, C)
• CRF84_A1D (A1, D)
• CRF85_BC (B, C)
• CRF86_BC (B, C)
• CRF87_cpx (CRF01, B, C)
• CRF88_BC (B, C)
• CRF89_BF (B, F1)
• CRF90_BF1 (B, F1)
• CRF91_01C (CRF01, C)
• CRF92_C2U (C, U)
• CRF93_cpx (A1, A5, C, CRF02, U)
• CRF94_cpx (CRF02, B, F2)
• CRF95_02B (CRF02, B)
• CRF96_cpx (CRF01, B, C)
• CRF97_xx
• CRF98_06B (CRF06_cpx, B)
• CRF99_BF1 (B, F1)
• CRF100_01C (CRF01, C)
• CRF101_01B (CRF01, B)
• CRF102_cpx (CRF07, CRF07)