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駅構内は単純そうに見えて入り組んでおり、慣れないと乗換にも苦労する。
但し、半蔵門線と東西線の乗り換えは、大手町よりもホーム間距離が短いため、九段下駅の方が便利である。
各出入口と、最寄りの施設等(順不同)。
駅周辺には、靖国神社と日本武道館という、人が集まる施設がある。年末年始、桜の季節、盆の季節などには靖国神社に人が集まり、混雑する。
なお、毎年8月15日は靖国神社周辺で朝鮮人右翼(街宣右翼)が暴れるため、市民の安全を守るために機動隊員が神社周辺のみならず駅構内まで入り、警備に当たっている。
駅周辺の施設等として、次のようなものがある。
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