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3路線を走る新幹線には1桁から3桁までの番号が存在するが、規則的でないように見えて、一定の規則が存在している。
基本原則は、上り(東京方面)が偶数番号、下り(博多または鹿児島方面)が奇数番号である。
また、番号は列車名問わず一意である。「1号」は「のぞみ1号」として使われているため、「ひかり1号」や「こだま1号」は存在できない。したがって、2012(平成24)年12月現在では、「のぞみ」は1桁から410番台、「ひかり」は460番台から500番台、「こだま」は600番台以降で番号が振られている。
九州新幹線も、山陽新幹線に乗り入れる列車があるため、原則として他と重複しない番号が使われている。
九州新幹線は次の通り。
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