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最初の部分は、FAT12からNTFSまで、一通りで共通である。但しFATに依存した構造のため、NTFS等では無意味な情報も多く、それらはNTFSでは0が書かれている。

オフセット13hと20hの使い分けは、互換性の確保にある。オフセット13hが元々の全セクター数だが、16ビットに納まる場合にのみ有効。さもなくば0が入り、実際の全セクターはオフセット20hに格納される。

これ以降、FAT12/FAT16と、FAT32と、NTFSでそれぞれフォーマットが異なる。

FAT32では途中にデータが挿入されており、その後にFAT12/FAT16の時と同じデータが置かれている。

オフセット28hのメディアディスクリプションフラグは、ミラーリングの際に使われる。ビット7=1の時にbit3-0が有効となり、アクティブFAT番号が入る。

NTFSでは次の通り。

オフセット48hは、フォーマット時に日付日時からランダムで番号を作る。

オフセット50hはチェックサム。NTFSでは常に0。